Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- s -

• SageFileReader() : pappso::cbor::psm::SageFileReader
• SageReader() : pappso::cbor::psm::SageReader
• SageTsvHandler() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• sampleFinished() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• sampleListFinished() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• sampleListStarted() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• sampleStarted() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• sanityCheck() : pappso::Enzyme
• saveBestAlignment() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• saveOrigin() : pappso::specpeptidoms::Scenario
• savePdf() : pappso::MassSpectrumWidget
• SavGolParams() : pappso::SavGolParams
• scanFinished() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• scanNumBeginRangeCorrection() : pappso::XicCoordTims
• scanNumber2SpectrumIndex() : pappso::MsRunReader
• scanStarted() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• Scenario() : pappso::specpeptidoms::Scenario
• ScoreValues() : pappso::specglob::ScoreValues, pappso::specpeptidoms::ScoreValues
• SelectionPolygon() : pappso::SelectionPolygon
• SelectionPolygonSpec() : pappso::SelectionPolygonSpec
• selectMsRunReader() : pappso::BafAsciiFileReader, pappso::TimsMsFileReader, pappso::XyMsFileReader
• SelfSpectrum() : pappso::specself::SelfSpectrum
• SemiGlobalAlignment() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• serializeMsRun() : pappso::MsRunXicExtractorDisk
• set() : pappso::GrpMapPeptideToGroup, pappso::specglob::ScoreValues
• set1D() : pappso::SelectionPolygon
• set2D() : pappso::SelectionPolygon
• setAccession() : pappso::OboPsiModTerm, pappso::Protein
• setAcqDurationInMilliseconds() : pappso::TimsFrameBase
• setAlignedRetentionTimeVector() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• setAlignmentMethodSp() : pappso::masschroq::MsRunGroup
• setArea() : pappso::TracePeak
• setAxisLabelX() : pappso::BasePlotWidget
• setAxisLabelY() : pappso::BasePlotWidget
• setBeginMassDelta() : pappso::specglob::PeptideModel
• setBinningType() : pappso::MzIntegrationParams
• setBins() : pappso::MassSpectrumCombiner
• setBinSizeDivisor() : pappso::MzIntegrationParams
• setBinSizeModel() : pappso::MzIntegrationParams
• setCell() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• setChargeMinimalFractionalPart() : pappso::MassSpecTracePlotWidget
• setChargeStateEnvelopePeakSpan() : pappso::MassSpecTracePlotWidget
• setCleavageCterModification() : pappso::Peptide
• setCleavageNterModification() : pappso::Peptide
• setColorMapPlotConfig() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• setCterModification() : pappso::Peptide
• setCurrentIndex() : pappso::PrecisionWidget
• setDaltonValueChanged() : pappso::PrecisionWidget
• setData() : pappso::DataPointJs
• setDataKindX() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb
• setDataKindY() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb
• setDataPoint() : pappso::DataPointJs
• setDecimalPlaces() : pappso::MassDataCombinerInterface, pappso::MzIntegrationParams
• setDescription() : pappso::Protein
• setDetectionThresholdOnMaxmin() : pappso::TraceDetectionZivy
• setDetectionThresholdOnMinmax() : pappso::TraceDetectionZivy
• setDiffFormula() : pappso::AaModification
• setDtInMilliSeconds() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setDynamicRange() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setEmptyMassSpectrum() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setExcludeParent() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setExcludeParentNeutralLoss() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setFileName() : pappso::MsRunId
• setFilterMorphoMaxMin() : pappso::TraceDetectionZivy
• setFilterMorphoMean() : pappso::TraceDetectionMoulon, pappso::TraceDetectionZivy
• setFilterMorphoMinMax() : pappso::TraceDetectionZivy
• setFocus() : pappso::BasePlotWidget
• setFocusSignal() : pappso::BasePlotWidget
• setFullIsotope() : pappso::ChemicalFormula
• setGlobalLocaleToCurrentOs() : pappso::PwizMsRunReader
• setGlobalLocaleToEnglish() : pappso::PwizMsRunReader
• setGlobalModification() : pappso::Peptide
• setGraphData() : pappso::BaseTracePlotWidget
• setGreatestMz() : pappso::MzIntegrationParams
• setGroupNumber() : pappso::GrpGroup, pappso::GrpPeptide, pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpProtein, pappso::GrpSubGroup
• setGrpPeptide() : pappso::GrpExperiment
• setHeight() : pappso::IntegrationScopeRect
• setInputParameters() : pappso::WrapTandemResults
• setIonList() : pappso::MassSpectrumWidget
• setIonMobilityGridSp() : pappso::masschroq::MsRunGroup
• setIonScore() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setIsotopeMinimumRatio() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setIsPeakShapeOutput() : pappso::masschroq::CborOutputStream
• setIsTraceOutput() : pappso::masschroq::CborOutputStream
• setJsonLabelList() : pappso::masschroq::Peptide
• setJsonObject() : pappso::masschroq::AlignmentMethod, pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setLeftBoundary() : pappso::TracePeak
• setMassSpectrumCstSPtr() : pappso::MassSpectrumWidget
• setMassSpectrumId() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setMassSpectrumSPtr() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setMatchBetweenRun() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setMaximumIsotopeNumber() : pappso::MassSpectrumWidget
• setMaximumIsotopeRank() : pappso::MassSpectrumWidget
• setMaxNumberMod() : pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setMaxPeptideVariantListSize() : pappso::Enzyme
• setMaxXicElement() : pappso::TracePeak
• setMinimumMz() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setMinNumberMod() : pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setMiscleavage() : pappso::Enzyme
• setModificationCounter() : pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setModificationPattern() : pappso::PeptideModificatorBase
• setMods() : pappso::masschroq::Peptide
• setMonoThread() : pappso::MsRunReader, pappso::TimsDdaPrecursors
• setMs1FilterCstSPtr() : pappso::TimsDdaPrecursors, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::TimsMsRunReaderMs2Selected
• setMs1MeanFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• setMs1Precision() : pappso::MassSpectrumWidget
• setMs1SmoothingWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• setMs2BuiltinCentroid() : pappso::TimsDdaPrecursors, pappso::TimsMsRunReaderMs2
• setMs2FilterCstSPtr() : pappso::TimsDdaPrecursors, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::TimsMsRunReaderMs2Selected
• setMs2MeanFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• setMs2MedianFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• setMs2Precision() : pappso::MassSpectrumWidget
• setMs2SmoothingWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• setMs2TendencyWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• setMsDataFormat() : pappso::MsRunId
• setMsLevel() : pappso::MassSpectrumWidget, pappso::QualifiedMassSpectrum
• setMsLevels() : pappso::MsRunReadConfig
• setMsMsType() : pappso::TimsFrameBase
• setMsRunId() : pappso::MassSpectrumId
• setMsRunXicExtractorFactoryType() : pappso::MsRunXicExtractorFactory
• setMzCalibration() : pappso::TimsFrameBase
• setMzCalibrationInterfaceSPtr() : pappso::TimsFrameBase
• setMzRangeChanged() : pappso::QCPSpectrum
• setMzTarget() : pappso::OboChooserWidget
• setMzValues() : pappso::MzIntegrationParams
• setName() : pappso::QCPXic, pappso::XicWidget
• setNativeId() : pappso::MassSpectrumId
• setNeedMsLevelPeakList() : pappso::SpectrumCollectionHandlerInterface
• setNeedPeakList() : pappso::MsRunReadConfig
• setNeutralLossMass() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setNeutralLossWindowDalton() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setNmostIntense() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setNodesToProcessCount() : pappso::MsRunDataSetTreeNodeVisitorInterface
• setNterModification() : pappso::Peptide
• setOboPsiModTerm() : pappso::ChemicalFormula, pappso::FilterOboPsiModMap, pappso::FilterOboPsiModSink, pappso::FilterOboPsiModTermAccession, pappso::FilterOboPsiModTermDiffMono, pappso::FilterOboPsiModTermLabel, pappso::FilterOboPsiModTermName, pappso::OboListModel::OboPsiModHandler, pappso::OboPsiModHandlerInterface
• setOrigAndLastMaxZValue() : pappso::ColorMapPlotConfig
• setOrigAndLastMinZValue() : pappso::ColorMapPlotConfig
• setOrigMaxZValue() : pappso::ColorMapPlotConfig
• setOrigMinZValue() : pappso::ColorMapPlotConfig
• setParameterValue() : pappso::MsRunReadConfig, pappso::QualifiedMassSpectrum
• setParent() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• setPen() : pappso::BasePlotWidget
• setPeptide() : pappso::EnzymeProductInterface, pappso::PeptideBuilder, pappso::PeptideMethioninRemove, pappso::PeptideModificatorPipeline, pappso::PeptideSemiEnzyme, pappso::PeptideSizeFilter
• setPeptideCharge() : pappso::MassSpectrumWidget
• setPeptideSp() : pappso::MassSpectrumWidget, pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideModificatorInterface, pappso::PeptideModificatorPipeline, pappso::PeptideModificatorTee, pappso::PeptideVariableModificationBuilder, pappso::PeptideVariableModificationReplacement
• setPeptideSpectrumCharge() : pappso::PsmFeatures
• setPlottingColor() : pappso::BaseColorMapPlotWidget, pappso::BasePlotWidget
• setPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::SelectionPolygon
• setPointF() : pappso::QPointFJs
• setPostExtractionTraceFilterCstSPtr() : pappso::MsRunXicExtractorInterface
• setPpmValueChanged() : pappso::PrecisionWidget
• setPrecision() : pappso::OboChooserWidget, pappso::PrecisionWidget
• setPrecursorMass() : pappso::specself::SelfSpectrum
• setPrecursorNativeId() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setPrecursorSpectrumIndex() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• setPreferredFileReaderType() : pappso::MsFileAccessor
• setProjectParam() : pappso::ProjectParameters
• setProtCter() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setProtElse() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setProtNter() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setPsimodDiffFormula() : pappso::ChemicalFormula
• setQualifiedMassSpectrum() : pappso::masschroq::PrecursorParser, pappso::MassSpectrumWidget, pappso::MsRunDataSetTreeNode, pappso::MsRunQualifiedSpectrumLoader, pappso::MsRunReaderRetentionTimeLine, pappso::MsRunReaderScanNumberMultiMap, pappso::MsRunReaderTicChromatogram, pappso::MsRunSimpleStatistics, pappso::MsRunXicExtractor::MsRunXicExtractorReadPoints, pappso::MzxmlOutput::Translater, pappso::SpectrumCollectionHandlerInterface
• setRank() : pappso::GrpPeptide, pappso::GrpProtein
• setReadAhead() : pappso::MzxmlOutput, pappso::SpectrumCollectionHandlerInterface
• setReferenceMsRunRetentionTimePtr() : pappso::masschroq::Peptide
• setRefineSpectrumModel() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setRemoveIsotope() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• setRemoveNonInformativeSubgroups() : pappso::GrpExperiment
• setRemoveZeroValDataPoints() : pappso::MzIntegrationParams
• setResValueChanged() : pappso::PrecisionWidget
• setRetentionTimeAroundTarget() : pappso::MsRunXicExtractorInterface
• setRetentionTimeEndInSeconds() : pappso::MsRunReadConfig
• setRetentionTimeInMinutes() : pappso::XicWidget
• setRetentionTimeInSeconds() : pappso::XicWidget
• setRetentionTimeStartInSeconds() : pappso::MsRunReadConfig
• setRightBoundary() : pappso::TracePeak
• setRtInSeconds() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::TimsFrameBase
• setRtRangeChanged() : pappso::QCPXic
• setRunId() : pappso::MsRunId
• setSampleName() : pappso::MsRunId
• setSelectedMsRunId() : pappso::MsFileAccessor
• setSequence() : pappso::cbor::psm::SageReader::FastaSeq, pappso::FastaHandlerInterface, pappso::FastaSeqHandler, pappso::Protein
• setSink() : pappso::PeptideBuilder, pappso::PeptideFixedModificationBuilder, pappso::PeptideMethioninRemove, pappso::PeptideModificatorPipeline, pappso::PeptideSemiEnzyme, pappso::PeptideSinkInterface, pappso::PeptideSizeFilter, pappso::PeptideSpSinkInterface, pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• setSize() : pappso::MsRunSlice
• setSliceNumber() : pappso::MsRunSlice
• setSmallestMz() : pappso::MzIntegrationParams
• setSpectrum() : pappso::MsRunSlice
• setSpectrumIndex() : pappso::MassSpectrumId
• setSpectrumP() : pappso::QCPSpectrum
• setStatus() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorVoid
• setSubGroupNumber() : pappso::GrpProtein, pappso::GrpSubGroup
• setSwitchValue() : pappso::SwitchWidget
• setTakeOnlyFirstWildcard() : pappso::Enzyme
• setTandemBinaryPath() : pappso::TandemWrapperRun
• setText() : pappso::HttpButton
• setTicStart() : pappso::TraceDetectionMoulon
• setTicStop() : pappso::TraceDetectionMoulon
• setTimsCalibration() : pappso::TimsFrameBase
• setTitle() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorVoid
• setTmpDir() : pappso::MsRunXicExtractorFactory
• setTotalSteps() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorTextPercent, pappso::UiMonitorVoid
• setTraceDetectionInterfaceCstSPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setTracePeak() : pappso::TraceDetectionSinkInterface, pappso::TracePeakList
• setTriangleSlope() : pappso::FilterTriangle
• setUnimodDiffFormula() : pappso::ChemicalFormula
• setupWidget() : pappso::BasePlotWidget
• setVariableModification() : pappso::specself::SelfSpectrum, pappso::specself::SelfSpectrumDataPoint
• setVisibleMassDelta() : pappso::MassSpectrumWidget
• setWidth() : pappso::IntegrationScope
• setX() : pappso::DataPointJs, pappso::QPointFJs
• setXicExtractionLowerPrecisionPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setXicExtractionRtRange() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setXicExtractionUpperPrecisionPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setXicExtractMethod() : pappso::masschroq::QuantificationMethod, pappso::MsRunXicExtractorInterface
• setXicFilter() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• setXmlId() : pappso::MsRunId
• setXrefOrigin() : pappso::AaModification
• setY() : pappso::DataPointJs, pappso::QPointFJs
• sgcoeff() : pappso::FilterSavitzkyGolay
• shouldIstop() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorVoid
• shouldStop() : pappso::MsRunDataSetTreeNodeVisitorInterface, pappso::SpectrumCollectionHandlerInterface
• showTracers() : pappso::BasePlotWidget
• similarity() : pappso::CosineSimilarity
• simplify() : pappso::ChemicalFormula
• size() : pappso::cbor::psm::PsmProteinMap, pappso::FastaFileIndexer, pappso::FilterOboPsiModSink, pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet, pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpSubGroupSet, pappso::MsRunDataSetTree, pappso::MsRunDataSetTreeNode, pappso::MsRunSlice, pappso::Peptide, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideFragmentIonListBase, pappso::PeptideInterface, pappso::PeptideIsotopeSpectrumMatch, pappso::PeptideNaturalIsotope, pappso::PeptideNaturalIsotopeList, pappso::PeptideSpectrumMatch, pappso::ProjectParameters, pappso::Protein, pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::spectree::Bucket, pappso::spectree::BucketClustering
• smallestMzChanged() : pappso::MzIntegrationParams
• sort() : pappso::Trace
• sortByRetentionTime() : pappso::Xic
• sortMz() : pappso::MassSpectrum
• sortX() : pappso::Trace
• sortY() : pappso::Trace
• spaceKeyReleaseEvent() : pappso::BasePlotWidget
• SpectralAlignment() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• SpecTree() : pappso::spectree::SpecTree
• spectrumListHasSize() : pappso::MsRunQualifiedSpectrumLoader, pappso::SpectrumCollectionHandlerInterface
• spectrumListSize() : pappso::BafAsciiMsRunReader, pappso::MsRunReader, pappso::PwizMsRunReader, pappso::TimsFramesMsRunReader, pappso::TimsMsRunReader, pappso::TimsMsRunReaderDia, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::TimsMsRunReaderMs2Selected, pappso::XyMsRunReader
• spectrumStringIdentifier2SpectrumIndex() : pappso::BafAsciiMsRunReader, pappso::MsRunReader, pappso::PwizMsRunReader, pappso::TimsFramesMsRunReader, pappso::TimsMsRunReader, pappso::TimsMsRunReaderDia, pappso::TimsMsRunReaderMs2, pappso::TimsMsRunReaderMs2Selected, pappso::XyMsRunReader
• SpecXtractInterface() : pappso::spectree::SpecXtractInterface
• SpecXtractMap() : pappso::spectree::SpecXtractMap
• splitMzStringToDoubleVectorWithSpaces() : pappso::Utils
• splitSizetStringToSizetVectorWithSpaces() : pappso::Utils
• SpOMSSpectrum() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• startArray() : pappso::cbor::JsonStreamWriter
• startGrouping() : pappso::GrpExperiment, pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• startLine() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• startLinearRead() : pappso::TimsBinDec
• startMap() : pappso::cbor::JsonStreamWriter
• startNumberingAllGroups() : pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• startRemovingNonInformativeSubGroupsInAllGroups() : pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• startSheet() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• stopGrouping() : pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• stopRemovingNonInformativeSubGroupsInAllGroups() : pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• storeObservedIdentityBetween() : pappso::IonMobilityGrid
• storeSlices() : pappso::MsRunXicExtractorDisk, pappso::MsRunXicExtractorDiskBuffer
• stringChanged() : pappso::DataPointJs
• strip() : pappso::GrpProtein
• sumAndRemove() : pappso::FilterTriangle
• sumY() : pappso::Trace
• SwitchWidget() : pappso::SwitchWidget