Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- p -

• PappsoException() : pappso::PappsoException
• parameterMapReady() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFeatures, pappso::cbor::psm::PsmFileAppend, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy, pappso::cbor::psm::PsmNewEval, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• parse() : pappso::FastaReader, pappso::OboPsiMod, pappso::OboPsiMs, pappso::OboUnimod
• parseDefinitionLabel() : pappso::OboTermForm
• parseFastaFile() : pappso::FastaFileIndexer
• parseFixedModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseLabeledModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseLine() : pappso::OboPsiModTerm
• parseMassSpectrumLine() : pappso::BafAsciiMsRunReader
• parseMsRunFilename() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseNoConstString() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• parseOnlyOne() : pappso::FastaReader
• parsePeptide() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parsePotentialModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseProteins() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseSpectrumStringId() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseString() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• parseStringToPeptide() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• peakChanged() : pappso::MassSpectrumWidget
• peakChangeEvent() : pappso::MassSpectrumWidget
• PeakIonIsotopeMatch() : pappso::PeakIonIsotopeMatch
• PeakIonMatch() : pappso::PeakIonMatch
• peakType() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• Peptide() : pappso::masschroq::Peptide, pappso::Peptide
• peptideAnnotate() : pappso::MassSpectrumWidget
• PeptideBase() : pappso::masschroq::PeptideBase
• PeptideBuilder() : pappso::PeptideBuilder
• PeptideFixedModificationBuilder() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder
• PeptideFragment() : pappso::PeptideFragment
• PeptideFragmentIon() : pappso::PeptideFragmentIon
• PeptideFragmentIonListBase() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• PeptideIsotopeSpectrumMatch() : pappso::PeptideIsotopeSpectrumMatch
• PeptideLabel() : pappso::masschroq::PeptideLabel
• peptideListSize() : pappso::GrpSubGroup
• PeptideMeasurements() : pappso::masschroq::PeptideMeasurements
• PeptideMeasurementsBase() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• PeptideMethioninRemove() : pappso::PeptideMethioninRemove
• PeptideModel() : pappso::specglob::PeptideModel
• PeptideModificatorBase() : pappso::PeptideModificatorBase
• PeptideModificatorPipeline() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• PeptideModificatorTee() : pappso::PeptideModificatorTee
• PeptideNaturalIsotope() : pappso::PeptideNaturalIsotope
• PeptideNaturalIsotopeAverage() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• PeptideNaturalIsotopeList() : pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• PeptideObservation() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• PeptideRawFragmentMasses() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• PeptideSemiEnzyme() : pappso::PeptideSemiEnzyme
• PeptideSizeFilter() : pappso::PeptideSizeFilter
• PeptideSpectrum() : pappso::specglob::PeptideSpectrum
• PeptideSpectrumMatch() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• PeptideVariableModificationBuilder() : pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• PeptideVariableModificationReplacement() : pappso::PeptideVariableModificationReplacement
• perfectShiftPossible() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• perfectShiftPossibleEnd() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• perfectShiftPossibleFrom0() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• plot() : pappso::MassSpectrumWidget, pappso::XicWidget
• plotRangesChangedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• plottableDestructionRequestedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• plottableSelectionChangedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• point() : pappso::QPointFJs
• pointerToString() : pappso::Utils
• populateIonMobilityGrid() : pappso::masschroq::Peptide
• postExtractionProcess() : pappso::MsRunXicExtractorInterface
• postProcessingAlign() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• PostTreatment() : pappso::specglob::PostTreatment
• PpmPrecision() : pappso::PpmPrecision
• preciseAlign() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• PrecisionBase() : pappso::PrecisionBase
• precisionChanged() : pappso::PrecisionWidget
• PrecisionWidget() : pappso::PrecisionWidget
• Precursor() : pappso::masschroq::Precursor
• PrecursorIonData() : pappso::PrecursorIonData
• precursorIonNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• precursorNodeByProductSpectrumIndex() : pappso::MsRunDataSetTree
• precursorNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTree
• PrecursorParser() : pappso::masschroq::PrecursorParser
• prepareCborScanWithSpectrum() : pappso::cbor::psm::PsmCborUtils
• prepareExtractor() : pappso::MsRunXicExtractorDisk
• prepareMeasurements() : pappso::masschroq::MbrPeptideMeasurements, pappso::masschroq::PeptideMeasurements
• prepareMeasurementsForPeptide() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• preprocessSpectrum() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• printInfos() : pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet, pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpSubGroupSet
• privAddFixedModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• privAddPotentialModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• privContainsAll() : pappso::GrpPeptideSet
• privMatchIonList() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• process() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase, pappso::cbor::psm::PsmFeaturesScan, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlobScan, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOmsScan, pappso::XtandemSpectrumProcess
• process_group_note() : pappso::WrapTandemResults
• processBufferScan() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• processBufferScanDone() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• processDriftTime() : pappso::PwizMsRunReader
• processRetentionTime() : pappso::PwizMsRunReader
• productNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• productNodesByPrecursorSpectrumIndex() : pappso::MsRunDataSetTree
• ProjectParameters() : pappso::ProjectParameters
• protectedExtractXicCoordSPtrList() : pappso::MsRunXicExtractor, pappso::MsRunXicExtractorDisk, pappso::MsRunXicExtractorInterface, pappso::TimsDirectXicExtractor
• Protein() : pappso::masschroq::Protein, pappso::Protein
• ProteinIntegerCode() : pappso::ProteinIntegerCode
• proteinMapReady() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• ProteinPeptideList() : ProteinPeptideList
• ProteinPresenceAbsenceMatrix() : pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• PsmCbor2Json() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json
• PsmFeatures() : pappso::cbor::psm::PsmFeatures, pappso::PsmFeatures
• PsmFeaturesScan() : pappso::cbor::psm::PsmFeaturesScan
• PsmFileAppend() : pappso::cbor::psm::PsmFileAppend
• PsmFileReaderBase() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• PsmFileScanProcess() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• PsmFileScanProcessAndCopy() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• PsmNewEval() : pappso::cbor::psm::PsmNewEval
• PsmProteinMap() : pappso::cbor::psm::PsmProteinMap
• psmReady() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• PsmSpecGlob() : pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob
• PsmSpecGlobScan() : pappso::cbor::psm::PsmSpecGlobScan
• PsmSpecPeptidOms() : pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• PsmSpecPeptidOmsScan() : pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOmsScan
• push_back() : pappso::GrpProtein, pappso::spectree::Bucket
• pushBackIonMasses() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackIonMz() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackMatchSpectrum() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackXicCoordList() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• PwizMsFileReader() : pappso::PwizMsFileReader
• PwizMsRunReader() : pappso::PwizMsRunReader